Wem vor dem Einsetzen der systematischen Deportationen ab Oktober 1941 nicht die Flucht oder Ausreise gelang, erlebt nun –mit dem Abtransport aus den Heimatorten – eine neue Dimension von Entrechtung, Demütigung und Misshandlungen. Dabei stellt der Transport mit der Reichsbahn aus Deutschland oder den besetzten Gebieten nur eine Etappe in einer langen Gewaltkette dar. Die meisten Deportationszüge fahren in die Ghettos und Arbeitslager in den besetzten Gebieten Polens und des Baltikums.

In den Ghettos müssen Jüdinnen und Juden Zwangsarbeit leisten. Ihre Versorgung ist vollkommen unzureichend und die hygienischen Verhältnisse sind katastrophal. Untergebracht auf engstem Raum dürfen sie das Ghetto nicht unerlaubt verlassen und keinen Kontakt mit der Außenwelt aufnehmen. Das Warschauer Ghetto besteht aus knapp 70 Straßenzügen, die von der übrigen Stadt durch hohe Mauern getrennt sind. Hier leben im November 1940 350.000 Menschen. Täglich sterben Hunderte an Hunger und grassierenden Krankheiten. In manchen Ghettos kommt es schon zum geplanten Massenmord: Im Winter 1941 erschießen SS- und Polizeieinheiten an zwei Tagen über 26.000 Jüdinnen und Juden aus dem Ghetto von Riga und über 1.000 aus Berlin Deportierte.

Für viele sind die Ghettos nur Durchgangsstation, zunächst in andere Ghettos oder Arbeitslager und schließlich in die Vernichtungslager wie Auschwitz, Treblinka, Belzec oder Sobibór. Hier wird bei der Ankunft entschieden, wer als „nicht arbeitsfähig” gilt – vor allem Alte, Kranke, Schwangere und Mütter mit Kindern – und direkt in die Gaskammern gebracht wird. Allein in Auschwitz-Birkenau werden über eine Million Menschen ermordet.